El objetivo de esta investigación es contribuir al debate académico sobre el problema al que se enfrentan las universidades en relación con su capacidad para funcionar como organizaciones integradas. Este estudio analiza la capacidad de las universidades para coordinar diferentes intereses internos en función de objetivos comunes. Se consideraron tres instituciones chilenas: una universidad estatal, una universidad privada tradicional y una universidad privada. Los datos demuestran que los distintos escenarios de alineamiento estratégico interno están influidos principalmente por el equilibrio de poder que se produce entre los tres componentes de la gobernanza institucional: el órgano directivo superior, la administración central y las facultades. Este equilibrio está condicionado por tres factores: en primer lugar, los acuerdos de gobernanza que regulan el equilibrio de poder entre los tres componentes de gobernanza interna y su capacidad para promover la coherencia y la alineación. El segundo elemento está asociado a las capacidades individuales de quienes ejercen cargos directivos de alto o medio nivel, ya sean individuales o colegiados. Los resultados muestran que las capacidades y competencias personales pueden potenciar o debilitar el papel de las autoridades y su grado de influencia en la toma de decisiones. El tercer factor está vinculado a los intereses individuales que motivan el comportamiento y las preferencias de quienes forman parte de los tres componentes de la gobernanza institucional.